由于歐洲議會和歐盟成員國尚未就歐盟排放交易體系（EU ETS）達成協(xié)議，歐洲航運因此面臨著單方面歐盟監(jiān)管的風(fēng)險，而不是支持全球流程。
盡管進行了冗長的談判，但在2020年至2030年期間，歐盟排放交易體系的協(xié)議仍不可能達成政治共識。在整個談判過程中，是否將航運業(yè)納入系統(tǒng)一直是一個有爭議的問題。歐盟排放交易體系的建立目的是減少能源生產(chǎn)和工業(yè)的排放，到目前為止，航運尚未成為該計劃的一部分。
丹麥保守黨國會議員Bendt Bendtsen呼吁歐洲議會放棄對歐洲航運公司的特殊要求，轉(zhuǎn)而支持國際海事組織（IMO）的工作。根據(jù)Bendtsen的說法，歐盟只能在歐洲范圍內(nèi)引進歐洲地區(qū)的規(guī)章制度，但隨著船舶在世界各地航行，實際上已經(jīng)無法實現(xiàn)。
“當然，關(guān)于新二氧化碳排放交易體系的協(xié)議還沒有達成，這是令人失望的，因為確實有必要提高配額價格。與此同時，歐盟缺乏共識，使航運業(yè)陷入困境。特別是現(xiàn)在，國際海事組織已經(jīng)為該行業(yè)的排放制定了一項全球戰(zhàn)略。”Bendt Bendtsen說。
國際海事組織海洋環(huán)境保護委員會（MEPC）發(fā)起了一個雄心勃勃的進程，制定了在全球范圍內(nèi)減少航運排放的戰(zhàn)略。計劃是在2018年春季制定初步戰(zhàn)略，并在2023年春季最終通過擴展版。
丹麥航運業(yè)界表示，如果IMO不履行承諾，歐盟系統(tǒng)應(yīng)該更有建設(shè)性地利用其自身的努力，而不是把槍對準自己和自己的行業(yè)。
事實上，關(guān)于航運是否納入歐盟排放交易體系的爭論已經(jīng)由來已久。早在2002年，歐盟委員會就已經(jīng)提出，如果IMO不能在2003年之前就航運業(yè)的溫室氣體減排達成一致，那么歐洲有必要采取行動。2009年哥本哈根氣候大會之后，歐盟又提出，如果到2011年12月31日之前無法就控制航運業(yè)碳排放達成國際協(xié)議，歐盟將把國際航運業(yè)列入其減排目標和政策機制中。
歐盟的最后通牒下了一輪又一輪，但顯然，航運業(yè)的復(fù)雜程度以及當下低迷的行業(yè)態(tài)勢使得歐盟的提議遭受強烈反對。另一方面，IMO關(guān)于航運減排的計劃也頗有進展。如IMO于2016年10月27日會議上作出決定：自2020年實施0.5%的全球硫限制，而不是推遲五年至2025年。——也就是在《國際防止船舶造成污染公約》（MARPOL）附則VI下的要求，于2009年通過，要求在硫排放控制區(qū)（ECA）以外航行的所有船舶使用硫含量不高于0.5%的燃油。
